课题组发表基于深度学习的赖氨酸琥珀酰化预测工具Deep_KsuccSite

内容

赖氨酸(符号 Lys 或 K)琥珀酰化 (Ksucc) 位点的鉴定集中了揭示赖氨酸琥珀酰化修饰的机制和功能的基础。传统的 Ksucc 位点定位实验方法通常既昂贵又耗时。因此,有必要构建一种有效的计算方法来预测蛋白质序列中 Ksucc 位点的存在。在这项研究中,我们提出了一种新颖且有效的预测器,用于基于深度学习算法识别 Ksucc 位点,称为 Deep_KsuccSite。预测器采用组成、转换和分布(CTD)组成(CTDC)、增强的分组氨基酸组成(EGAAC)、两亲性假氨基酸组成(APAAC)和嵌入编码方法对肽段进行编码,然后构建了三个使用一维(1D)卷积神经网络(CNN)和2D-CNN,最后采用投票法得到最终结果。 K折交叉验证和独立测试表明,Deep_KsuccSite可以作为识别蛋白质序列中Ksucc位点的有效工具。此外,基于投票、特征组合和模型架构的消融实验结果表明,Deep_KsuccSite 可以充分利用不同特征的信息来构建有效的分类器。综上所述,我们在本研究中开发了 Deep_KsuccSite,它基于深度学习算法,可以实现比当前赖氨酸琥珀酰化位点方法更好的预测精度。本方法研究中涉及的代码和数据集可在 URL https://github.com/flyinsky6/Deep_KsuccSite 永久获得。

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https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.1007618/abstract