细菌病原体的坐等假说:耐久性和毒力的理论研究

摘要

这一耐人寻味的坐等假说预测,细菌在外部环境中的耐久性与它们的毒力呈正相关。自从1987年首次提出这一假说以来,该假说在细菌毒力领域的有效性一直引发争论。作为媒介传播与毒力权衡的特例,媒介现在被环境寿命取代,在过去的30年里,只有零星的研究表明环境耐久性可能与毒力有关。然而,自从Walther和Ewald(2004)的综述发表以来,目前还没有对这些工作的系统研究,也没有对静坐等待假说的流行病学分析进行更新。在这篇文章中,我们将实验证据、流行病学数据和理论分析放在一起来支持静观其变假说。根据毒力(+/-)和耐久性(+/-)表型得失的流行病学资料,我们将细菌分为四类,即静待病原菌(++)、媒介传播病原菌(+-)、专性胞内细菌(–)和自由生活细菌(-+)。之后,由于高通量测序技术的快速发展,我们借助生物信息学技术深入研究了丰富的细菌蛋白质组数据,从分子水平上对这两个因素进行了研究。使用来自Gene Ontology和UniProt数据库的耐久性相关基因序列和从毒力因子数据库收集的毒力因子,通过HMMER软件包批量搜索相应的20个细菌蛋白质组以寻找同源序列。统计分析只确定了8个具有静坐等待潜力的非媒介传播细菌的死亡率和生存时间之间的适度的,并且在统计上没有显著的相关性。同时,通过组间比较,寄主死亡率较高的细菌在外部环境中的耐久性明显更强。生物信息学分析结果与流行病学数据吻合较好,即具有坐等潜势的非媒介传播病原菌的毒力基因和耐久性基因数量高于其他细菌群。然而,由于细菌样本量相对较小,实验数据不规范,这些结论受到了限制。